หลังจากที่ ฤดูกาลที่ 4 ได้จบลงไปนั้นหากยังจำกันได้ เมื่อโลกต้องพบกับภัยพิบัติอีกครั้ง เมื่อเตาปฏิกรณ์นิวเคลียร์ ที่ยังคงเหลืออยู่ในโลกเริ่มทำงาน และสิ่งมีชีวิตที่อยู่บนโลกจะต้องสูญสิ้น คล๊าร์คถูกทิ้งให้อยู่บนโลกในขณะที่เพื่อนของเธอกลับขึ้นไปยังอวกาศอีกครั้ง เวลาผ่านไปนานกว่า 6 ปีหลังเหตุการณ์หายนะเพรมฟายาที่ได้ทำลายโลกและฆ่าเผ่าพันธุ์มนุษย์ส่วนใหญ่ไป ในขณะที่คลาร์คเฝ้ารอการติดต่อจากกลุ่มที่ขึ้นไปบนดิอาร์คและกลุ่มที่ลงไปหลบในบังเกอร์ ก็มียานนักโทษลำหนึ่งลงมาจากฟ้า พวกเขาเป็นมิตรหรือศัตรู และพวกเขาต้องการอะไร
