ในภาคนี้เป็นเรื่องราวหลังจากภารกิจหยุดยั้งขีปนาวุธนิวเคลียร์ในดูไบดำเนินไปสำเร็จ อีธาน ฮันต์ สามารถหลุดพ้นจากการตกเป็นผู้ต้องหาวางระเบิดในรัสเซีย หน่วย ไอเอ็มเอฟ ถึงการต้องถูกยุบ พร้อมกับการหายตัวไปของ อีธาน ฮันต์ เพื่อหลบหนีจากการตามล่าจากกองค์กรลับนาม ซินดิเคต เขาพบว่า องค์กรโฉดที่ว่านี้ก็ถูกฝึกมาเช่นเดียวกับหน่วย IMF ของพวกเขา เพียงแต่ว่ามีเป้าหมายที่ต่างกัน ศัตรูของเหล่าสายลับได้ปรากฏตัวขึ้นแล้ว ทางเดียวที่ ฮันต์และเพื่อนร่วมทีมจึงต้องรวมตัวกันเพื่อโค่นพวกนั้นให้ได้