เปิดเรื่องด้วยยานอวกาศรูปแมลงของชาร์แมน พ่อค้าสัตว์หายากผู้ชั่วร้าย เขาได้รับเบาะแสของ โกลเด้น เฮอร์คิวลิส ด้วงกว่างทองคำ ว่าอยู่บนเกาะมหัศจรรย์ และมีผู้สนใจซื้อ 3 ราย ดังนั้นจึงต้องมีการประมูล ใครให้ราคาดีที่สุดคนนั้นจะรับไป
ที่โตเกียว คุณพ่อซื้อด้วงกว่างที่โนบิตะอยากได้ และให้โนบิตะสัญญาว่าจะดูแลอย่างดี เนื่องจากปีก่อนเขาซื้อปลาทองมาสุดท้ายให้โดราเอมอนกับคุณแม่เลี้ยง สำหรับด้วงกว่างตัวนี้โนบิตะตั้งชื่อมันว่า คาบุตะ เนื่องจากเป็นด้วงกว่างของเขา เมื่อมาถึงลานว่างซึ่งทุกคนกำลังชนด้วงกว่างอยู่ คุณพ่อบอกโนบิตะให้เอาคาบุตะมาต่อสู้ แต่สู้กับใครก็แพ้หมด รวมถึงคุณพ่อลงมาสู้เองด้วย คุณพ่อจึงเดินกลับบ้านปล่อยให้โนบิตะเจ็บใจอยู่คนเดียว
เมื่อกลับมาที่บ้าน โนบิตะขอให้โดราเอมอนพาไปหาด้วงกว่างตัวที่ใหญ่กว่านี้เพราะคาบุตะอ่อนแอเกินไป แต่โดราเอมอนบอกว่าให้รักษาสัญญาว่าจะเลี้ยงมันอย่างดี ต่อมาโดรามีและคุณแม่ชวนให้ทั้งสองคนมาดูรายการสารคดีสัตว์โลก ซึ่งในวันนี้นำเสนอเกี่ยวกับสัตว์ที่สูญพันธุ์ไปแล้ว และโนบิตะอดเป็นห่วงไม่ได้ว่าถ้าด้วงกว่างสูญพันธุ์เขาจะอดชนด้วง คุณพ่อนึกขึ้นได้ว่าเคยเห็นด้วงกว่างทองคำตัวใหญ่ยักษ์จึงเอาสมุดภาพในอดีตมาให้ดู แต่จำไม่ได้ว่าที่ไหน (อาจจะในฝัน) สิ่งนี้ยิ่งทำให้โนบิตะกระหายด้วงกว่างยักษ์ โดราเอมอนจึงเอา ช่องกาลเวลาและที่ดักกาลเวลา ออกมา สุดท้ายพวกเขาเอานกโมอามาได้และให้โดรามีหาพื้นที่ที่สัตว์เหล่านี้ไปอยู่ และได้เจอเกาะมหัศจรรย์เข้า ซึ่งเกาะแห่งนี้มีพลังที่ทำให้สัตว์ต่าง ๆ ได้รับความคุ้มครอง มีนักวิทยาศาสตร์จากโลกอนาคตดูแลเกาะแห่งนี้อยู่
30 ปีก่อนในฤดูร้อน ขณะที่โนบิสุเกะกำลังนอนกลางวันอยู่ กอนสึเกะรับตัวเขาเข้าไปในห้วงมิติเวลา และระหว่างที่กอนสึเกะหลับอยู่ โนบิสุเกะกดปุ่มที่ทำให้ช่องที่นั่งเปิดออก เขจึงตกลงสู่รอยแยกของห้วงมิติเวลา เมื่อกอนสึเกะตื่นก็พบว่าไปรับคนผิดยุค ที่จริงต้องไปรับโดราเอมอนจากโลกในอีก 30 ปีข้างหน้า เมื่อมาถึงแล้วก็รับโดราเอมอนและโนบิตะไปยังเกาะมหัศจรรย์ กอนสึเกะลงจอดที่เกาะแล้วดอกเตอร์เคลลี่ นักวิจัยสัตว์อนุรักษ์ของเกาะมหัศจรรย์ มาหาที่จุดนี้เพื่อขึ้นยานไปกับกอนสึเกะ
ในเกาะนี้มีแต่สัตว์ที่สูญพันธุ์ไปหมดแล้วเนื่องจากพื้นที่นี้เป็นพื้นที่ที่ใช้อนุรักษ์พันธุ์สัตว์ที่สูญพันธุ์ไปแล้ว และโดราเอมอนมาที่เกาะนี้เพื่อเอานกโมอามาส่ง แต่นกมันดื้อมากไม่ยอมให้จับ ทำให้ของวิเศษกระจัดกระจายออกมา หนึ่งในนั้นมีไม้เท้าขี่ลืม ซึ่งจะต้องเอาไปส่งซ่อมเนื่องจากระบบเวลาออกฤทธิ์มันเสีย สุดท้ายนกโมอาคาบไม้เท้านั้นไปและเหวี่ยวโดราเอมอนไปยังรังมด ส่วนโนบิตะได้ด้วงกว่างยักษ์กลับไปที่บ้าน ส่วนที่เกาะมหัศจรรย์ นกโมอาตัวนั้นเข้าไปในป่าและคาบไม้เท้าขี้ลืมอยู๋ เมื่อโนบิสุเกะเห็นก็ตกใจรีบหนี ส่วนนกโมอาตกใจสลัดไม้เท้าออก ไม้เท้าขี้ลืมไปปักบนหัวของโนบิสุเกะทำให้จำอะไรไม่ได้เลย ระหว่างนั้นเอง ลูกน้องของชาร์แมน ล็อก และสเนก ตามชาวโกะเพื่อถามหาเกลเด้น เฮอร์คิวลิส แต่ถูกสาวน้อยของชนเผ่าขัดขา เมื่อตามไปก็เจอเสือเขี้ยวดาบ ล็อก เสนก และนกที่ขี่มาจึงกระเจิงไปหมด ส่วนโนบิสุเกะที่อยู่บนหลังเสือเขี้ยวดาบเมื่อสักครู่ได้พบชาวเผ่ากลุ่มนี้ สาวน้อยแห่งชนเผ่าแนะนำตัวเองว่าชื่อโคลอน มีสัตว์เลี้ยงชื่อคุลาโจ้ ส่วนโนบิสุเกะจะบอกชื่อ แต่โดนไม้เท้าขี้ลืมทำให้จำชื่อไม่ได้ จึงพูดว่าชื่อ “อะไร” ทุกคนของเผ่าเลยเรียกเขาว่า “อะไร”